O monitoramento frequente da qualidade dos recursos hídricos, com o intuito de identificar mudanças em parâmetros preestabelecidos, proporciona um melhor manejo, onde, ações mitigadoras podem ser tomadas caso ocorram alguma contaminação ou alteração no ecossistema aquático. Assim, utilizando técnicas e coletas periódicas, pode-se gerar dados importantes para uma melhor gestão dos recursos hídricos. O município de São Francisco de Itabapoana, localizado no norte do estado do Rio de Janeiro, apresenta uma área territorial expressiva de 1.122,438 km² sendo o 5º maior do estado, com uma população de 41.191 habitantes, apresentando uma forte participação na agropecuária. O município conta com o maior remanescente contínuo de Mata Estacional Semidecidual de todo estado do Rio de Janeiro que também é denominada “mata de tabuleiro”. Com o intenso processo de desmatamento desse remanescente, a área ainda florestada foi enquadrada como área “crítica” e em 2002 foi transformada em Estação Ecológica Estadual de Guaxindiba (EEEG). Com 3.270 ha de extensão, a EEEG é umas das vinte áreas de proteção integral do estado do Rio de Janeiro e a única unidade de conservação (UC) às margens esquerda do rio Paraíba do Sul. Este trabalho analisou a qualidade da água da microbacia do brejo da Floresta e microbacia do brejo da Cobiça, por meio de parâmetros físico-químico e biológicos. As amostras de água foram coletadas em sete pontos, com intervalos de três meses entre as coletas, durante doze meses, de forma a abranger a área alagada da EEEG. Dois pontos de coleta localizam-se fora dos limites da EEEG e cinco pontos em seu interior. Foram avaliados os parâmetros temperatura, oxigênio dissolvido, sólidos totais dissolvidos, pH, turbidez, demanda bioquímica de oxigênio, condutividade elétrica, coliformes totais e termotolerantes. Os dois primeiros parâmetros foram analisados in loco e os demais no LabFoz - Laboratório de Monitoramento das Águas da Foz do Rio Paraíba do Sul no Polo de Inovação Campos dos Goytacazes. As amostras foram coletadas e analisadas de acordo com as normas descritas no standard methods for examination of water and wastewater 21th. A EEEG ainda sofre ação antropogênica das comunidades em seu entorno, principalmente das atividades agropecuárias.