A água é um recurso natural essencial à vida de todos os organismos do planeta e é através dela que se mantém a sustentabilidade dos ciclos fundamentais à sobrevivência e à qualidade de vida. As lagoas costeiras, corpos hídricos superficiais de grande importância, são instrumentos na manutenção das condições climáticas e hidrológicas. Na região Norte Fluminense as lagoas costeiras possuem demasiada representatividade, mas o uso desmedido de seus recursos, bem como a urbanização da região geram alterações na qualidade desses ecossistemas. Este trabalho objetivou a caracterização de alguns parâmetros físico-químicos e microbiológicos das lagoas do Açu, Salgada, Grussaí e Iquipari, localizadas em São João da Barra-RJ. Desta forma, após uma revisão bibliográfica sistemática, foram realizadas campanhas de coleta e análise de água entre março e dezembro de 2018. Os parâmetros analisados são: demanda bioquímica de oxigênio, condutividade, salinidade, sólidos totais dissolvidos, oxigênio dissolvido, temperatura, turbidez, pH, coliformes totais e E. coli. Os ânions: cloreto, sulfato e os cátions: cálcio, magnésio, potássio e sódio, foram analisados por cromatografia iônica. Os resultados mostraram que as lagoas costeiras sofrem grandes influências em seus parâmetros devido a variáveis como: proximidade com o oceano, aberturas irregulares de barra, as formas de uso desses ambientes pela comunidade e o Complexo Logístico Industrial Portuário do Açu. Propõe-se um monitoramento constante e a criação de novas unidades de conservação como forma de proteção e manutenção da qualidade desses ecossistemas.