O monitoramento dos recursos hídricos é imprescindível para que se garanta água em quantidade e qualidade adequadas para o equilíbrio ecossistêmico e para manutenção de seus diversos usos. A utilização de ferramentas se faz necessária para a interpretação do monitoramento, como produção de índices para uma melhor interpretação dos dados encontrados. Nesse sentido, o Índice de Qualidade de Água (IQA) e o Índice de Estado Trófico (IET) são algumas ferramentas importantes para análise dos principais parâmetros relacionados à qualidade da água de corpos hídricos, principalmente quando se busca índices relacionados à contaminação por esgoto doméstico e ao nível de nutrientes nas águas, respectivamente. A gestão de recursos hídricos no Brasil é realizada a nível de bacia hidrográfica, por meio dos Comitês de Bacias Hidrográficas. A região do Baixo Paraíba do Sul e Itabapoana está inserida na Região Hidrográfica IX, abrangendo a região da foz do rio Paraíba do Sul, onde estão localizados os municípios de Campos dos Goytacazes e São João da Barra. Nesse contexto, o objetivo do estudo é avaliar a condição dos recursos hídricos do rio Paraíba do Sul no trecho Campos dos Goytacazes – São João da Barra por meio da análise de diferentes parâmetros físico-químicos e microbiológicos e cálculo do IQA e IET. Foram realizadas análises de importantes parâmetros de qualidade de água em um ponto na localidade de Martins Lage em Campos dos Goytacazes entre os anos de 2015 a 2018 para confecção do primeiro artigo. Para a realização do segundo artigo foram feitas três saídas de campo, onde se coletou amostras em seis diferentes pontos ao longo dos municípios de Campos dos Goytacazes e São João da Barra no ano de 2019. As análises físico-químicas e microbiológicas foram realizadas no Laboratório de Análise e Monitoramento das Águas (LabFoz) do Polo de Inovação Campos dos Goytacazes do Instituto Federal Fluminense (PICG/IFF). As determinações, em sua maioria, foram feitas em triplicata e os métodos de análise seguiram as normas técnicas estabelecidas pelo Standard Methods for examination of water & wastewater 23th . Os resultados obtidos foram relacionados com a Resolução nº 357/2005 do Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA) e com trabalhos científicos similares. Os parâmetros analisados em sua maioria se mostraram dentro do preconizado pela legislação de referência para água doce classe 3. Vale destacar que os parâmetros microbiológicos apresentaram valores mais altos em alguns pontos, indicando possível contaminação na área abrangida pelo estudo. O Índice de Qualidade de água apresentou, nas duas primeiras saídas nível de qualidade bom, porém a última saída apresentou nível de qualidade médio em quase todos os pontos. O índice de Estado Trófico apresentou em sua maioria grau de trofia mesotrófico, sendo a primeira saída a única que apresentou três pontos com grau de trofia eutrófico, indicando possíveis interferências antrópicas com relação ao incremento de fósforo.