A Lagoa de Iquipari situa-se em Pipeiras, 5º distrito do município de São João da Barra/RJ, sofreu modificações em sua morfologia e na qualidade ambiental de suas águas ao longo do processo de ocupação e exploração da planície sanjoanense em função dos ciclos econômicos. A partir do ano de 2007, a bacia hidrográfica da lagoa passou a abrigar um novo empreendimento, o Complexo Logístico Industrial e Portuário do Açu- CLIPA, cuja estrutura atenderá aos requisitos mais modernos da logística mundial. Este trabalho tem por objetivo identificar as principais características fisiográficas da Lagoa de Iquipari, as alterações já ocorridas nos ciclos anteriores e suas respectivas implicações, além de analisar o uso e ocupação do solo da bacia em função do CLIPA a fim de evidenciar possíveis mudanças no balanço hídrico da lagoa. Para isto, realizaram-se pesquisas bibliográficas e documentais, acrescidas de idas ao campo para coleta de amostras de água e demais informações. Produziram-se ainda mapas e gráficos que revelam o comportamento fisiográfico de Iquipari no período compreendido entre 2003 e 2015, bem como cálculos e gráficos para ilustrar as variações dos aspectos analisados. Observou-se que a existência de canais e a abertura artificial de barra interferiram na variação da lâmina d’água da lagoa ao longo dos anos, no entanto, quando a lagoa passa a ser analisada como um sistema fechado, ou seja, apenas com contribuições de precipitação como entrada e evaporação como saída, o lençol freático mostra-se um importante regulador de suas águas. O projeto de macrodrenagem apresentado pelo CLIPA revela que boa parte da água que hoje infiltra e alimenta as águas subterrâneas da bacia será captada e jogada para fora dela. Propõe-se neste trabalho uma nova análise do referido projeto a fim de que o mesmo devolva as águas recolhidas para a própria bacia de Iquipari, evitando assim perdas no volume total da recarga e, consequentemente, novos impactos.