Objetivou-se, com a realização deste estudo avaliar possíveis influências de cidades sobre águas fluviais do Baixo Paraíba do Sul, considerando dois períodos sazonais naturais, seco e úmido. De modo complementar, procurou-se verificar via bioensaios, a limitação nutricional por N e/ou P, o crescimento de microorganismos nas águas fluviais do Baixo Paraíba do Sul antes e após as cidades, por meio do enriquecimento isolado e combinado de nitrogênio e fósforo na proporção 16:1. Foram trabalhados enriquecimentos individualizados e combinados em concentrações finais de +0,5 μM PO43- e +80 μM NO3-. As amostras foram coletadas antes (P1) e após as cidades (P2 e P3). Foram realizadas duas amostragens, uma em um período seco (agosto de 2011) e a outra em um período úmido (dezembro de 2011). Foi possível verificar um efeito urbano nas águas fluviais investigadas. Amônio e fósforo particulado foram as variáveis mais sensíveis ao objeto de pesquisa no período seco, enquanto no período úmido foram amônio e coliformes fecais (representada por Escherichia coli). Os resultados obtidos nos bioensaios indicaram que o nitrogênio foi o nutriente limitante ao cresimento fitoplanctônico nas águas fluviais do Baixo Paraíba do Sul. Assume-se que a estratégia de obtenção de informação urbano-fluvial adotada no presente estudo, se mostrou importante para a obtenção de um diagnóstico ambiental, devendo subsidiar informação útil ao manejo e à conservação dos sistemas fluviais.