A variação morfológica apresentada por populações de uma mesma espécie pode ser causada por diferenças genéticas, ambientais localizadas geograficamente ou pela interação entre estes fatores. A forma do corpo em peixes influencia principalmente o modo de locomoção durante o forrageamento e a resposta de fuga antipredatória. O tamanho corporal também é uma característica fenotípica muito estudada por estar associado à seleção sexual e fecundidade (assim como a outros parâmetros ecológicos). A espécie Poecilia vivipara, por ser encontrada em abundância nas lagoas da Planície Quaternária do Norte Fluminense e por apresentar grande tolerância a variações ambientais, torna-se um bom modelo para estudos sobre divergência morfológica interpopulacional. As lagoas localizadas nesta Planície formam um complexo de habitats com grande variação de fatores bióticos e abióticos, contribuindo para a diferenciação morfológica desta espécie. O objetivo deste estudo é verificar a estrutura da diferenciação morfológica (forma e tamanho corporal) de machos e fêmeas de populações de P. vivipara em lagoas da região Norte Fluminense. De cada população foram fotografados entre 40-60 espécimes de cada sexo e em cada indivíduo digitalizados 13 marcos anatômicos. Para a verificação das diferenças no tamanho corporal médio entre as populações foi utilizada uma medida de tamanho geométrico. A quantificação da forma corporal foi realizada através da análise de deformações e da função thin-plate-spline. Os maiores tamanhos corporais foram encontrados em populações que habitam ambientes com maior salinidade tanto para fêmeas quanto para machos. Os resultados obtidos nas variáveis canônicas indicaram que existem diferenças de forma significativas entre as populações, mesmo dentro de uma mesma lagoa, e que esta variação na forma está principalmente localizada na região anterior do corpo tanto para machos quanto para fêmeas. As trajetórias alométricas entre forma e tamanho do corpo não são paralelas entre as populações, indicando que existem diferenças de forma independentes do tamanho. As fêmeas apresentam maior influência do tamanho na forma corporal do que os machos. Uma análise de gradiente direto (partial least squares) entre variáveis de forma e ambientais mostrou que o tamanho corporal influenciado pela salinidade representa a principal influência sobre a variação de forma corporal entre as populações da espécie P. vivipara.