As variáveis de fluorescência da clorofila a (F0, Fm, Fv, Fv/Fm, Fv/F0, qN e NPQ), as concentrações dos pigmentos fotossintéticos (clorofila a (Clo a), clorofila b (Clo b), carotenóides (Caro), Clo a/b, Clo (a + b)/(Caro), clorofilas totais (Clo Totais)) e as alterações anatômicas e ultraestruturais foram estudadas para avaliar condições de estresse em Eichhornia crassipes (Mart.) Solms (aguapé) ao longo do rio Paraíba do Sul (RPS), no sudeste do Brasil. Os dados foram obtidos no final dos períodos seco e chuvoso durante dois anos em quatro ambientes: 1) rio Imbé (Campos dos Goytacazes – RJ), considerado o controle por apresentar menor aporte antropogênico; 2) baixo RPS (Campos dos Goytacazes – RJ); 3) médio RPS (Volta Redonda – RJ) e 4) alto RPS (São José dos Campos – SP). Os valores de F0 variaram de 212 a 318; Fm de 979 a 1.736; Fv de 760 a 1.418; Fv/Fm de 0,77 a 0,84; Fv/F0 de 3,46 a 5,39; qN de 0,019 a 0,036 e NPQ de 0,025 a 0,045. Os coeficientes de dissipação não-fotoquímicos (qN e NPQ) das plantas foram mais elevados nas regiões mais industrializadas do RPS (médio e alto) em ambos os períodos. Entretanto, os valores de Fv/Fm indicaram que aguapé não apresentou estresse. A concentração de Clo a variou de 0,020 a 0,048 µmol.cm-2, Clo b de 0,006 a 0,020 µmol.cm-2, Caro de 0,007 a 0.016 µmol.cm-2,- A relação Clo a/b de 2,1 a 3,5, Clo (a + b)/(Caro) de 3,3 a 4,8 e Clo Totais de 0,026 a 0,068. Foi verificada correlação positiva entre a concentração de pigmentos carotenóides e as variáveis de dissipação não-fotoquímica (qN e NPQ) no aguapé. Através de microscopia óptica, variações no tamanho das células da epiderme do limbo e pecíolo, além de uma redução no número de camadas de células do córtex interno da zona de absorção da raiz de aguapé, foram observadas nas plantas do médio RPS no segundo ano de estudo. A microscopia eletrônica de transmissão demonstrou que o volume do estroma aumentou nos cloroplastos de aguapé do médio RPS, sendo que esta alteração persistiu independente dos períodos de coleta. Neste local os cloroplastos apresentaram uma desorganização dos tilacóides e ausência de grãos de amido. Apesar de as plantas de aguapé do médio e alto RPS terem apresentado algumas alterações anatômicas e ultraestruturais em comparação com o controle, a integridade das células, cloroplastos e membranas das organelas foram mantidas, o que sugere que estas plantas não estejam submetidas a condições drásticas de estresse.