O objetivo do presente estudo foi examinar a distribuição de mercúrio, suas fontes e transformações na matéria orgânica (MO) das frações particulada e coloidal em dois estuários com geomorfologia distinta: a baía de Sepetiba (BS), um sistema semifechado e impactado pela atividade industrial e portuária; e o estuário do rio Paraíba do Sul (RPS), um sistema aberto e impactado pela atividade agrícola na sua porção inferior. Amostras de água superficial foram coletadas em seis pontos ao longo do gradiente de condutividade elétrica. Posteriormente, essas amostras foram ultrafiltradas em cartuchos com tamanhos de poro distintos (0,1 µm, 10 kDa e 1 kDa) com o objetivo de separar as frações correspondentes ao material particulado em suspensão fino (MPS-F), matéria orgânica dissolvida ultrafiltrada de alto peso molecular (MDU-A) e matéria orgânica dissolvida ultrafiltrada de baixo peso molecular (MDU-B), respectivamente. As frações isoladas por meio da ultrafiltração foram liofilizadas e digeridas com água régia em forno microondas para a análise de mercúrio. Paralelamente caracterizou-se as composições elementar e isotópica das amostras. Na BS e no RPS foi observado que em todas as frações ultrafiltradas os valores da razão (C/N)a diminuíram com o aumento da condutividade elétrica. A fração MDU-B da BS apresentou correlação inversa significativa entre os valores da razã (C/N)a (rs = 0,9012, p < 0,05). Seus valores variaram entre 17,5 e 7,3, indicando que a MO terrestre é consumida e transformada nos sistemas estudados. A transformação da MO terrestre, observada através da razão (C/N)a, foi confirmada pelos valores mais pesados de δ13C com o aumento da condutividade elétrica. Observou-se uma correlação inversa significativa entre esses parâmetros na fração MDU-B tanto para a BS (rs = 0,9381, p < 0,05) quanto para o RPS (rs = 0,9196, p < 0,05). As demais frações de ambas as áreas apresentaram a mesma tendência que a observada para a MDU-B. Comparando os valores médios da (C/N)a e do δ 13C das frações ultrafiltradas com os das possíveis fontes de MO para os sistemas notase que as frações ultrafiltradas são compostas por uma mistura heterogênea de distintas fontes de MO. Tais fontes incluem MO autóctone fitoplanctônica e alóctone de efluentes domésticos e solos. Em relação à distribuição de Hg em ambas as áreas de estudo, as maiores concentrações em base de massa foram observadas na fração MPS-F, tanto na BS (273 a 1449 ng.g-1, p < 0,05) como no RPS (130 a 458 ng.g-1). Embora o MPS-F represente um fator importante no transporte do Hg na XIV interface continente-oceano em ambas as áreas de estudo, na baía de Sepetiba esta fração se destacou. No rio Paraíba do Sul as frações coloidais apresentaram uma maior importância. Esta diferença entre os ecossistemas pode ser atribuída às características hidrodinâmicas entre os sistemas estudados. Entretanto, a participação das frações coloidais sugere a possibilidade deste elemento circular e atingir regiões oceânicas mais profundas.