O aporte de elementos contaminantes nas bacias de drenagem em função dos diferentes usos do solo tem aumentado à preocupação quanto ao alcance desses materiais junto às áreas marinhas, tendo em vista a complexidade desses ambientes. Estudos envolvendo o cálculo do aporte desses elementos tóxicos associados ao material particulado em suspensão permitem elucidar não apenas a dinâmica de transporte, como os mecanismos relativos a essa associação, levando-se em conta matrizes geoquímicas como os sedimentos e macrófitas que podem atuar como barreiras naturais e juntamente com barreiras antrópicas (represas e barragens) podem contribuir para minimizar o percentual do material transportado. Os estuários são considerados a principal via de transferência da matéria orgânica dissolvida e particulada do continente para os sistemas marinhos através dos rios, sendo considerados ambientes extremamente dinâmicos uma vez que grande parte dos processos biogeoquímicos que neles ocorrem e são influenciados por variações sazonais e de marés. O uso de ferramentas como a composição elementar e isotópica do carbono permite uma maior elucidação dos processos ecológicos relacionados à origem de matéria orgânica nesses ecossistemas. Nesse contexto, o estudo tem por objetivo geral estimar o aporte continental de mercúrio e arsênio (Hg e As) para o oceano em função da variação dos componentes: vazão, concentração de MPS e concentração de Hg e As; avaliando a dinâmica de distribuição desses elementos em diferentes matrizes: material particulado em suspensão, sedimentos e raízes de uma macrófita flutuante (Eichhornia crassipes) nas estações seca e cheia nos estuários do rio Itabapoana, canal das Flechas e rio Paraíba do Sul. Os valores de vazão calculados para estação seca e cheia respectivamente foram no rio Itabapoana: 16 e 17m³.s-1, canal das Flechas 32 e 49m³.s-1 e no RPS 321 e 1774m³.s-1. Os valores de concentração de material particulado em suspensão para estação seca e cheia respectivamente foram no rio Itabapoana: 18 e 74g/m³, canal das Flechas 80 e 172g/m³ e no RPS 22 e 118g/m³. As concentrações de mercúrio associadas ao material particulado em suspensão para estação seca e cheia respectivamente foram em média: no rio Itabapoana 169 e 173ng.g-1; no canal das Flechas 280 e 220ng.g-1 e no rio Paraíba do Sul 305 e 201ng.g-1. As concentrações de arsênio associadas ao material particulado em suspensão para estação seca e cheia respectivamente foram em média: no rio Itabapoana 2,3 e 1,8µg.g-1 ; no canal das Flechas 4,9 e 6,2µg.g-1 e no rio Paraíba do Sul 6,3 e 1,9µg.g-1. Os valores dos fluxos instantâneos de Hg observados nas estações seca e cheia respectivamente no rio Itabapoana foram 52 e 231µg.s-1; no canal das Flechas 908 e 1968 µg.s-1 e no rio Paraíba do Sul 2226 e 42603µg.s-1. Em relação ao arsênio, os valores dos fluxos instantâneos observados nas estações seca e cheia respectivamente foram no rio Itabapoana 689 e 2429µg.s-1; no canal das Flechas 15942 e 48421µg.s-1 e no rio Paraíba do Sul 51738 e 423002µg.s-1. Todos os valores de concentração de Hg e As estão abaixo dos valores de referência do TEL e PEL. Os valores de aporte de mercúrio e arsênio variaram em função da variação sazonal característica de cada área dos valores de vazão, concentração de MPS e concentração de mercúrio e arsênio associados ao MPS, sendo assim, pode-se inferir que no rio Itabapoana e no canal das Flechas as interferências antrópicas minimizam a influência sazonal e governam os níveis de aporte desses elementos ao oceano, enquanto no rio Paraíba do Sul as diferenças sazonais são mais evidentes e determinam diferentes níveis de aporte de Hg e As principalmente em função da variação dos valores de vazão entre as estações.