A caracterização das relações alimentares entre os organismos contribui para o entendimento da dinâmica das comunidades ecológicas nos ecossistemas. O objetivo do presente estudo foi identificar as relações alimentares e o teor de mercúrio (Hg) entre peixes da Bacia inferior do rio Paraíba do Sul com similaridades tróficas e no uso do habitat. As coletas foram realizadas na porção inferior do rio Paraíba do Sul entre as localidades de São Sebastião do Paraíba e São Fidélis, abrangendo os tributários Pomba e Dois Rios, junto a estrutura do Projeto Piabanha. A amostragem dos peixes ocorreu bimestralmente entre dezembro/2012 e outubro/2013 com o auxílio de redes de espera, peneira, tarrafa e rede de arrasto. Além disso, foram realizadas as coletas de água e sedimento nos locais de amostragem para determinações de Hg. As espécies coletadas foram agrupadas em guildas tróficas, e em seguida foram tomados seus dados biométricos como comprimentos total e padrão. No laboratório, foram determinados Hg total (Perkin Elmer FIMS-400) e isótopos estáveis (Thermo Finnigan Delta V Advantage) de carbono e nitrogênio em amostras de tecido muscular das espécies coletadas. As espécies analisadas foram separadas em três guildas tróficas (carnívoros, onívoros e detritívoros), distribuídas entre os habitats pelágico e demersal. As análises isotópicas de carbono (δ13C) revelaram a participação tanto da fonte pelágica quanto da fonte bentônica na alimentação das guildas tróficas, enquanto as assinaturas isotópicas de nitrogênio (δ15N) indicaram que a maioria das guildas, exceto os onívoros pelágicos, estava no mesmo nível trófico. A partir da estimativa do nicho isotópico verificou-se sobreposições entre carnívoros, onívoros demersais e detritívoros demersais. Os carnívoros pelágicos apresentaram alimentação mais especializada em relação às demais guildas e compartilhada principalmente com os onívoros demersais. Os onívoros pelágicos apresentaram preferências alimentares distintas em relação às outras guildas, tendo em vista que sua área de nicho foi pouco compartilhada. A concentração de Hg diferiu significativamente entre os carnívoros e onívoros demersais e entre os onívoros pelágicos e demersais como reflexo de suas posições tróficas e fonte principal de recursos alimentares (p=0,01). Devido ao posicionamento trófico similar entre as guildas, o potencial de biomagnificação de Hg e sua relação com δ15N não foram verificados. As concentrações de Hg nos compartimentos abióticos identificaram a influência do sedimento sobre a cadeia bentônica. Os resultados indicaram que as guildas apresentam amplo espectro alimentar. No entanto, a análise do conteúdo estomacal deve ser realizada a fim de separar as espécies em categorias alimentares mais específicas.